1、前海湾站：是5号线（环中线）的起始站，也是5号线与1号线（罗宝线）、穗莞深城际线的换乘站，位于前海片区，规划晨文路和在建1号线西侧地块内，呈南北向布置。车站为地下两层12 米岛式站台车站，总建筑面积30400平方米。
2、临海站（原临海路站）：位于宝安中心区甲岸路和滨水沿岸临海路（规划）丁字路口北侧，和临海路呈斜交，大致呈东西向布置，东端距新深圳河西侧河堤约140米。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11600平方米。
3、宝华站（原宝华路站）：位于宝安区宝华路与兴华一路交叉路口处，沿宝华路北侧布置。西北侧为宝安市民广场，西南侧为规划绿地和图书馆、博物馆等文化设施用地。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11800平方米。
4、宝安中心站：是5号线与1号线的换乘站，位于新湖路与创业一路交叉路口，大致呈南北走向。车站为地下三层7 米侧式站台车站，总建筑面积11600平方米。
5、翻身站：位于宝安区创业一路和翻身大道交叉路口西侧，沿创业一路布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11000平方米。
6、灵芝站（原灵芝公园站）：是5号线与规划10号线的换乘站，位于创业二路和前进一路交叉路口，沿创业二路布置。车站为地下两层12 米岛式站台车站，总建筑面积13100平方米。
7、洪浪北站（原洪浪站）：位于创业二路和新安三路交叉路口，沿创业二路布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11100平方米。
8、兴东站（原同乐站）：位于创业二路和留仙二路交叉路口，沿创业二路布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11100平方米。
9、留仙洞站（原深职院站）：位于留仙大道和同发路丁字路口处，沿留仙大道布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11600平方米。
10、西丽站：是5号线与规划7号线、15号线的换乘站，位于留仙大道与沙河西路交叉路口，呈东西走向布置。车站为地下三层7 米侧式站台车站，总建筑面积 14000平方米。
11、大学城站：位于留仙大道和丽山路丁字路口西侧，沿留仙大道布置。车站为地下两层一岛一侧式站台车站，总建筑面积22800平方米。
12、塘朗站：位于留仙大道与中央大道交叉路口的西侧，沿留仙大道呈东西走向布置。车站为地面三层高架10 米岛式站台车站，总建筑面积8000平方米。
13、长岭陂站：位于留仙大道与塘长路以北路侧，沿留仙大道路北布置。车站为地面三层高架二岛三线式站台车站，总建筑面积10000平方米。
14、深圳北站（原龙华火车站）：是5号线和4号线（龙华线）、规划6号线及国铁新深圳站的换乘站，位于龙华规划新区大道西侧，规划国铁新深圳站东广场进出站平台下。车站为地下一层、地面一层5.4 米侧式站台车站，总建筑面积为9600平方米。
15、民治站：位于民治大道与平南铁路交叉路口的东侧，车站上方路面规划新建平南铁路二线。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积13700平方米。
16、五和站：为5号线与规划16号线的换乘站，位于布龙公路与五和南路交叉路口的南侧，布龙路辅道下，沿布龙公路呈东西走向布置。车站为地下两层12米岛式站台，总建筑面积14700平方米。
17、坂田站：位于布龙公路和坂雪岗大道交叉路口，沿布龙公路呈东西走向布置。车站为地下两层10 米岛式站台，总建筑面积20600平方米。
18、扬美站（原大埔站）：位于布龙公路和雪围路（规划环城东路）交叉路口，跨路口布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11800平方米。
19、上水径站：位于吉华路北部上水径村附近，上水径村一处山坡上。车站为地下三层10 米岛式站台车站，总建筑面积14200平方米。
20、下水径站：位于吉华路下水径村附近。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积11600平方米。
21、 长龙站（原布吉中学站）：位于吉华路布吉中学段，沿吉华路布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积12200平方米。
22、布吉站（原）：位于国铁布吉客运站和3号线之间公交站场下，车站所在位置周边为交通枢纽。西侧为国铁布吉客运站，东侧为3号线布吉站，南侧为布吉交通枢纽东广场，北侧为公交站场。车站为地下三层15.2米岛式站台车站，总建筑面积12900平方米。
23、百鸽笼站：为远期小交路折返站，位于龙岗区企岭北路东侧，在规划翔鸽路、创富南路、荣华路（均未实施）的交口，沿规划的翔鸽路呈南北向布置。车站为地下两层一岛一侧式站台车站，总建筑面积24900 平方米。
24、布心站：位于罗湖区东晓路和东湖路交叉口南侧，沿东晓路布置。车站为地下两层8 米岛式站台车站，总建筑面积10500平方米。
25、太安站（原太安路站）：是5号线与规划7号线的换乘站，位于太安路与太白路之间的东晓路上，横跨布心路，呈南北走向布置。车站采用上5下7的双岛垂直换乘方式，总建筑面积40100平方米。
26、怡景站（原怡景路站）：位于怡景路与黄贝路交叉路口，沿怡景路布置。车站为地下两层10 米岛式站台车站，总建筑面积10900平方米。
27、黄贝岭站：位于北斗路与深南东路交叉路口的东侧，东接新秀立交，沿深南东路呈东西向布置。本站是5号线与2号线的换乘站，采用双岛4线的平行换乘方式，并在站厅层预留与规划8号线通道换乘的条件，总建筑面积34400平方米。
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